Hovedforskel: Mænd siges at være bedre egnet til nogle opgaver end kvinder og vice versa. Derfor dikterer traditionelle kønsrolle, at mænd er velegnede til karriere som politik og videnskab, mens et kvinders sted siges at være i en husstand. Selvom dette ikke er helt tilfældet, er der noget sandhed i sagen. Mænd og kvinder adskiller sig fra hinanden, ikke kun fysisk, men også i hjernestrukturer.

Det er kendt, at mænd og kvinder afviger fysisk fra hinanden. Mænd er normalt højere og har mere muskelmasse end kvinder. Forskellene vedrører også seksuelle reproduktive organer, hvor mænd hovedsageligt har interne og nogle ydre reproduktive organer. Alle kvindelige reproduktive organer er interne. Også kun den kvindelige krop er i stand til at bære en baby og til at føde, udover at amme barnet via modermælk. Kvinder er frugtbare efter pubertet og indtil overgangsalderen. Mænd er frugtbare efter puberteten og indtil døden. Den ældste kendte far var i alderen 92 år.
Der findes yderligere fysiske forskelle mellem mænd og kvinder. I forhold til kvinder har mænd tendens til at have:
- mere skamhår
- mere kropshår, hovedsageligt terminal hår i modsætning til kvinders vellus hår
- mere ansigtshår
- større hænder og fødder end kvinder
- bredere skuldre og bryst
- større kraniet og benstruktur
- større hjernemasse og volumen
- større muskelmasse
- et mere fremtrædende Adams æble og dybere stemme
- en længere shinbone
- større talje i forhold til deres hofter
- tættere, stærkere knogler, sener og ledbånd
- længere hjørnetænder
- højere, snævrere og mere kompakt bækken, i modsætning til kvinders bredere bækkenhulrum, som er nødvendig for fødslen.
- tykkere og olieagtig hud
- mere tilbøjelige til skaldethed
Ud over disse fysiske forskelle findes der yderligere forskelle i hormonniveauer, sensoriske systemer, væv mv. Wikipedia lister på disse yderligere forskelle:
- Kvinder har en mere følsom lugtesans end mænd
- Kvinder har flere smertestillende receptorer i huden.
- Kvinder rapporterer en højere forekomst af mange smerterelaterede sygdomme og syndromer, især autoimmune sygdomme.
- Kvinder rapporterer mere alvorlig smerte, hyppigere smerter, længerevarende smerter og bredere smerter end mænd.
- Kvinder viser højere præstationsniveauer på test af verbal flyt.
- Kvinder har generelt en højere kropsfedtprocent end mænd.
- Kvinder har normalt lavere blodtryk end mænd, og kvinders hjerter slår hurtigere, selv når de sover.
- Mænd og kvinder har forskellige niveauer af visse hormoner. Mænd har en højere koncentration af androgener, mens kvinder har en højere koncentration af østrogener. Det vigtigste mandrelaterede hormon er testosteron.
- Voksne mænd har cirka 5, 2 millioner røde blodlegemer pr. Kubikmeter blod, mens kvinder har ca. 4, 6 millioner.
- Kvinder har typisk flere hvide blodlegemer (lagret og cirkulerende), flere granulocytter og B og T-lymfocytter. Derudover producerer de flere antistoffer hurtigere end mænd. Derfor udvikler de færre smitsomme sygdomme og bukker under kortere perioder.
Desuden har videnskaben bevist, at størrelsen af en mandlig hjerne adskiller sig fra en kvindelig, dvs. den er større end kvinderne. Mens årsagen til dette fænomen stadig er ukendt, er det blevet tilskrevet, at mænd er fysisk større end kvinder; Derfor er det fornuftigt, at dette også afspejles i hjernens størrelse.
Også mænd er overvejende venstrehvirvlede, hvilket betyder at de bruger deres venstre halvkugle mere. Den venstre halvkugle tilskrives logisk og rationel tænkning. Den højre halvkugle er normalt henført til følelser og kreativitet. Hos kvinder er både venstre og højre halvkugle ens i størrelse og funktion. Derfor ser kvinder ud til at være mere følelsesmæssige end mænd. Dette har imidlertid ingen indvirkning på generel intelligens. Både mænd og kvinder har ikke vist nogen signifikante forskelle i IQ-niveauer, bortset fra det faktum, at mænd synes at udmærke sig i matematikken, formodentlig på grund af deres logiske begrundelse, mens kvinder har en tendens til at udmærke sig mere på sprog, fordi deres effektive brug af kognitive evner af den højre halvkugle.
Ifølge Simon Baron-Cohen er den mandlige hjerne karakteriseret ved systemiserende tendenser, hvor systemisering er drivkraften til at analysere, udforske og konstruere et system. Mænd synes at finde ud af, hvordan tingene fungerer, og de forsøger ofte at udtrække de regler, der regulerer systemets adfærd, for at forstå, forudsige eller genopfinde systemet. Kvinder derimod har tendens til at have empati tendenser, hvor empati er drivkraften til at forsøge at identificere andres følelser og tanker og at reagere på dem med en passende følelse. Kvinder er hardwired for at forsøge at forstå en anden person, for at forudsige deres adfærd, og at forsøge at forbinde dem følelsesmæssigt. Dette gør dem intuitive til deres egne følelser, såvel som den anden persons og generelt bedre kommunikatorer.
Disse tendenser og differentieringer har udviklet sig som reaktion på de særlige situationer og miljøer, som hver af kønserne har stået over for årtusinderne. De systematiske tendenser hos mænd var nødvendige for at opfinde og lave værktøjer og våben. Også deres lave empathiserende evne hjalp dem med at overleve ensomheden under lange jagt- og sporingsture samt for at begå handlinger af interpersonel vold og aggression, som blev anset for nødvendige for mandlige konkurrence.

Disse forskelle er også den grundlæggende grund til, at mænd og kvinder ikke effektivt kan kommunikere med hinanden. Mænd forsøger at analysere relationerne rationelt og analysere dem som logiske systemer. De undlader at indse, at relationer involverer andre mennesker med følelser og følelser, og at de andre mennesker, dvs. kvinder ser forholdet anderledes end dem. Kvinder har en tendens til at lægge større vægt på følelser og følelser og ønsker at tale om disse følelser for at forsøge at forklare dem for deres betydelige andre, men ikke at indse, at den betydelige andre, dvs. mænd, er ligeglade med følelser generelt.
Derudover er der mange sygdomme, som mænd og kvinder er mere tilbøjelige til, som mænd er mere tilbøjelige til hjerte-kar-sygdomme, alkoholisme og antisocial personlighedsforstyrrelse, mens kvinder er mere tilbøjelige til at lide af unipolær depression, angst, spiseforstyrrelser, posttraumatisk stressforstyrrelse, slidgigt og osteoporose. Kvinder er også generelt mindre sårbare end mænd til udviklingsproblemer og kroniske sygdomme. Der er mange flere sådanne forskelle.
I øjeblikket er kønsforholdet for verdensbefolkningen favoriseret mænd. Kønforholdet står på 101: 100. Det betyder at der er 101 mænd til hver 100 kvinder, dvs. der er flere mænd i verden. Dette kan dog tilskrives kvindelig infanticide i en række udviklingslande. Desuden har kvinder tendens til at overleve mænd. Men en mulig forklaring på dette er, at mændene er mere tilbøjelige til at engagere sig i risikabel adfærd.