Hovedforskel: Den katolske bibel indeholder de oprindelige 46 bog i Det Gamle Testamente (som omfatter Apokrins syv bøger) og de syvogtyvende bøger i Det Nye Testamente. Den protestantiske bibel indbefatter kun de niogtredive bøger i Det Gamle Testamente og de syvogtyvende bøger i Det Nye Testamente.

Hovedproblemet med at skelne mellem katolske og kristne opstår, når mange ikke er klar over, at romersk-katolicismen er en kristnesekt, ligesom den østlig-ortodokse kirke og de forskellige religioner i protestantismen. Protestantismens kirkesamfund indbefatter lutherske, baptistiske, anglikanske, calviniske, kvældere, shakers osv. Så når vi tager om katolske og kristne bibler, henviser vi rent faktisk til bibler, der anvendes af katolikker og protestanter.

En stor forskel mellem de katolske og protestantiske kirker er deres tro på Biblerne. Katolikker ser på Bibelen som den samme myndighed med kirken og traditionen, mens protestanterne ser på Bibelen som den øverste myndighed for tro og praksis.

Man bør bemærke, at Bibelen ikke kun er en bog; Det er en samling af bøger fra skrifter til historiske begivenheder. Det er et bibliotek af historier om Jesu liv, hans apostle og deres liv efter at Jesus døde på korset. I slutningen af ​​4. århundrede blev disse forskellige mængder og historier overholdt i et volumen, som i det væsentlige er den moderne bibel, som vi ved det. Den moderne bibel består af to dele: Det Gamle Testamente og Det Nye Testamente.

Både de katolske og protestantiske bibler omfatter det nye testamente i samme format. Forskellen opstår i Det Gamle Testamente. Det Gamle Testamente som inkluderet i den protestantiske bibel gennemgik kanonisering af doktrinerne eller bøgerne. Canonisering er en proces med at vælge hvilke bøger der skal forblive og blive en del af Bibelen, og som bør udelukkes. Den protestantiske Bibel indeholder kun de bøger, der blev anset for at være Guds ord. Bøger og historier, der blev anset for at være skrevet af 'mand', blev udelukket. Denne proces af kanonisering tog mange århundreder.

Det Gamle Testamente i den oprindelige Bibel var baseret på en græsk oversættelse af jødisk skrift, kaldet Septuagint. Omkring 100 e.Kr. reviderede jødiske rabbiner deres skrifter og etablerede en officiel kanon af jødedommen, som udelukket nogle dele af det græske septuagint.

De fjernede bøger var Tobit, Judith, 1 Makkabeer, 2 Makkabeer, Visdom (Salomo), Sirach og Baruch. Dele af eksisterende bøger blev også fjernet, herunder salme 151 (fra salmer), dele af Esther's Bog, Susanna (fra Daniel som kapitel 13) og Bel og Dragen (fra Daniel som kapitel 14).

Bibelen fortsatte med at bruge teksten i den oprindelige Septuagint som Gamle Testamentet. Imidlertid besluttede protestantiske ledere i 1500-tallet at organisere det gammeltestamentlige materiale ifølge den officielle kanon af jødedom i stedet for Septuagint. De distribuerede Gamle Testamentet i to dele. Det gammeltestamentlige materiale, som ikke var i den jødiske kanon, blev flyttet ind i et separat afsnit af Bibelen kaldet Apokrypha. Så de protestantiske bibler indbefattede nu tre dele: de hebraiske bibeles 24 boge opdelt i 39 bøger som det reviderede gamle testamente, syvogtyvende bøger i det nye testamente, herunder de fire canoniske evangelier, apostlenes handlinger, enogtyve brev eller breve og åbenbaringsbog og syv bøger i apokrypha. I 1800'erne blev apokrypha til sidst faldet af den protestantiske version af Bibelen. Apokryphas bøger er også kendt som deuterokanoniske bøger.

Den romersk-katolske kirke fulgte dog ikke i protestanternes trin og fortsatte med at basere deres gamle testamente på Septuagint. Så i grunden indeholder den katolske bibel stadig de oprindelige 46 eksemplarer af Det Gamle Testamente (som indeholder Apokrins syv bøger) og de syvogtyvende bøger i Det Nye Testamente. Den protestantiske bibel indeholder på den anden side nu de niogtredive bøger i Det Gamle Testamente og de syvogtyvende bøger i Det Nye Testamente.