Nøgleforskel: Atomer er de grundlæggende enheder, som alle spørgsmål er lavet af. Atomer er små, lige fra 0, 1 til 0, 5 nanometer i bredden. Hvert atom af ethvert element består af protoner, neutroner og elektroner. Atomer af forskellige elementer kommer sammen for at lave molekyler. Dette sker via en kemisk reaktion. Et molekyle er den mindste mængde af et kemisk stof, der kan eksistere.

Et element er et rent kemisk stof, der har en eller en type atom, kendetegnet ved dets atomnummer. Atomenummeret er afledt af antallet af protoner til stede i elementets kerne. Der er i alt 118 elementer, der er identificeret, fordelt mellem metal, metalloider og ikke-metaller. Hvert element har sit eget sæt egenskaber. De fleste elementer er tilgængelige på jorden, mens nogle få er blevet udviklet kunstigt gennem nukleare reaktioner. Et element er allerede i sin rawestform og kan ikke brydes yderligere ned. Alle elementerne findes i det periodiske system, opført efter atomnummer.
Hvert atom af ethvert element består af protoner, neutroner og elektroner. Protonerne og neutronerne udgør kernen i atomet og er placeret i midten af atomet. Kernen er omgivet af en sky af elektroner, som er bundet til kernen ved en elektromagnetisk kraft. Elektronerne har en negativ ladning, som er hvordan de tiltrækkes til kernen, da protonerne i kernen har en positiv ladning. Neutroner har derimod ikke noget gebyr.
Antallet af protoner, neutroner og elektroner i et atom bestemmer hvilket element det er. For eksempel: Et atom af jern har 26 protoner, 30 neutroner og 26 elektroner. Hvert jernatom vil have denne konfiguration.
Atomer af forskellige elementer kommer sammen for at lave molekyler. Dette sker via en kemisk reaktion. For eksempel: to hydrogenatomer og ét oxygenatom kombineres for at danne et vandmolekyle.

Et molekyle kan have meget forskellige egenskaber fra de elementer, den er lavet af. For eksempel: vand opfører sig meget anderledes end enten oxygen eller hydrogen, selvom det består af to hydrogenatomer og et oxygenatom.
Endvidere kan et atom ikke eksistere uafhængigt i naturen uden at binde sig til noget. Vi finder aldrig et enkelt oxygenatom eller et enkelt carbonatom. Det er altid bundet til noget, såsom O2 (ilt) eller CO2 (kuldioxid). Når molekylet er bundet i et molekyle, kan det eksistere uafhængigt af naturen, og derfor kan vi altid finde et iltstof, et molekyl af carbondioxid, et vandmolekyle (H2O) osv.
I et molekyle sidder atomerne sammen i en bestemt form eller form. Dette afhænger hovedsageligt af antallet af obligationer, som atomet kan lave. Atomer danner molekyler ved at danne kemiske bindinger med hinanden. Oxygenatomer har altid to bindinger med andre atomer, carbonatomer har altid fire bindinger med andre atomer, og nitrogenatomer har altid tre bindinger med andre atomer. På grund af dette har en bestemt type molekyle altid en bestemt form, såsom femkantet, sekskantet, lateralt, bipolært, etc.
Molekyler har altid en tendens til at gruppere sammen, deres dannelse afhængigt af deres tilstand. Som i en gasform, plejer molekylerne at flyve lige rundt. I en flydende tilstand har molekylerne tendens til at være løst grupperet sammen, så de stadig kan bevæge sig. I en fast tilstand er molekylerne tæt pakket sammen og kan kun vibrere.
Molekyler er normalt repræsenteret i en molekylformel. For eksempel: O2, H2O, CO2, C6H12O6 (sukker). Den molekylære formel er navnet på elementet efterfulgt af antallet af atomer af det pågældende element i molekylet.