Hovedforskel: Amazon er en online-butik, mens eBay er et auktionshus.
Som et online shopping site har de begge til formål at give deres kunder en bekvem måde at handle fra luksusen af deres hjem. De tilbyder en række produkter, med eller uden rabatter, og både nye og brugte. Amazon er en forhandler og opererer derfor som en almindelig butik. Det har egne aktier, lagerbeholdning og lageropbevaring. eBay, som auktionshus, fungerer som tredjepart og forbinder købere til sælgere. Derfor har den ikke sin egen lagerbeholdning, lager eller oplagring. Det forbinder kun købere til folk, der har produkterne.
eBay er et websted, der giver folk mulighed for at købe eller sælge deres ting. Derfor er det en på en operation. En person køber et produkt fra en anden person, der ønsker at sælge den. Men eBay er blevet så populært, at selv virksomheder og butikker opregner deres produkter på den. En køber kan købe nye varer direkte fra Amazon.com eller nye eller brugte varer fra Amazon Marketplace-sælgere. Til sammenligning har Amazon en meget begrænset og streng proces, hvis tredjeparter ønsker at sælge deres nye eller brugte produkter på Amazon Marketplace.
EBay har også tendens til at have en række forskellige forskellige produkter og kategorier i forhold til Amazon. Begge tilbyder store sorter, men eBay har generelt tendens til at have meget flere produkter end Amazon. En sælger kan liste næsten enhver form for genstand, alt fra antikviteter til biler, bøger til sportsartikler. Selv hvis varen ikke falder i traditionskategorier, har eBay en 'Everything Else' kategori, som består af, godt, alt andet. Sælgeren kan vælge at acceptere kun bud for varen eller tilbyde alternativet Køb det nu, som giver købere mulighed for at købe varen til den pris, der er fastsat af sælgeren.
Amazon har derimod normalt en børsnoteret pris, hvor køberne kan købe produktet. Desuden er Amazon Marketplace ikke tilgængelig i alle lande, hvor Amazon-webstedet fungerer.
Hvis en person køber direkte fra Amazon, er køb garanteret af Amazon. Men hvis man køber fra en markedsplads sælger, ville de have beskyttelse, men ikke så meget som direkte at købe fra Amazon. Der har været tilfælde, hvor produkterne, der sælges af markedsforhandlere, ikke har været på linje med Amazons politik. Alligevel er Amazon meget specielt ved at forsøge at stoppe disse tilfælde, og alle købere kan give feedback om de sælgere og produkter, de køber. Hvis en køber er ulykkelig eller utilfreds med produktet, kan de desuden returnere eller anmode om udskiftning af produktet, og Amazon vil refundere pengene eller bede sælgeren om at refundere det, hvis det drejer sig om markedsførere.
Udover at være en onlineforhandler har Amazon også produceret forbrugerelektronik. Disse omfatter Amazon Kindle e-boglæseren og Kindle Fire tabletcomputeren. Amazon er også en vigtig udbyder af cloud computing-tjenester.