Hovedforskel: Shia er en af de to store sekter af islam, den anden er sunnimus. Ismaili er en division inden for shia-sekten. Opdelingen skyldes udvælgelsen af en Imam.
Før du forstår hvordan shias'erne er opdelt i disse tre grene, er det vigtigt at forstå, hvordan forskellene mellem sunni og shia blev dannet. Under Muhammad blev alle muslimer betragtet som en. Muhammad betragtes som Guds sidste profet. Forskellene fulgte Muhammeds død. Muhammed døde uden at officielt erklære en arving til at lede det muslimske samfund. Der var to hovedkonkurrencer: Abu Bakr (Muhammeds svigerfar) og Ali (Muhammads fætter og svigersøn). Sunni'erne plukket Abu Bakr, som var en ven og en fortrolige af Muhammed som en kalif til at lede og rådgive. Shia'erne troede imidlertid på, at kalifatet skulle forblive i Muhammeds familie og dermed foretrak Ali som leder. Ali blev det fjerde kalifat under sunni-reglen. Derudover er der andre små forskelle med hensyn til, hvordan de beder og hvad de tror. På grund af disse forskelle mellem shia og sunni har der været konstant sammenstød mellem islamens to sekter.
Shia stod også over for nogle interne uenigheder vedrørende imamerne og hvem skulle lede som en Imam. Under Shia islam betragtes en Imam som en leder, der er kigget på vejledning for alle aspekter af livet. Ifølge Shia-doktrinen er Imamah en guddommelig institution, som lykkedes institutionen for Profetskabet. De tror, at imamerne udvælges og vælges af guddommelige væsener, de har fuldstændig viden og kan med rette fortolke Quanran. Nu forskel forskellen mellem shia på grund af udvælgelsen af imamer. Ismaili er en gren af Shia islam, der er opkaldt efter Ismail ibn Ja'far, som de tror er den retmæssigt udpegede Imam eller åndelige efterfølger. Dette adskiller sig fra de Twelvers, der tror Mūsà al-Kāżim, Ismails yngre bror, som den sande Imam.
Ismailisme var på et tidspunkt den største gren af Shisim, der var i politisk magt i det tiende og tolvte århundrede. Siden Ismalisme er en gren og en del af Shias, deler de begge mange trosretninger, herunder at der kun er en sand Gud, og at Imamer skal være afkom af Muhammad gennem sin datter, Fatima. Både, Shias og Ismaili mener, at familien Muḥammad (Ahl al-Bayt) som guddommeligt udvalgt, ufejlbarlig og styret af Gud for at lede det islamiske samfund.
Nizari Ismaili er en sti (tariqah) af shia islam, der understreger social retfærdighed, pluralisme og menneskelig grund inden for rammerne af islamens mystiske tradition. Det betragtes som den næststørste gren af islam og udgør flertallet af Ismaili. Mustaali Ismaili er en sekt af Ismaili Shia Islam. Den største forskel mellem Nizari Ismaili og Mustaali Ismaili er, som burde have ført som Imamen. Nizaris accepterede Imam Nizar (den første) som den nittende Imam, mens Mustaalis overvejer Nizars yngre bror Mustali. Nizari-muslimerne ledes for tiden af Aga Khan IV, som er kendt som Imam Shah Karim.
Ifølge Wikipedia er "Musta'liyyahen også omtalt som Taiyabi eller Ṭayyibī, efter den sidste Imam, som de genkender, Ṭayyib Abī l-Qāṣim. Historisk var der en sondring mellem Ṭayyibiyyah og Ḥāfiziyyah, sidstnævnte genkendte Egyptens Fatimid-herskere (mellem 1130-1169) som legitime Imamas, og ikke Ṭayyib Abī l-Qāṣim. Hafizi-visningen mistede al støtte efter nedfaldet af Fatimid-dynastiet: nutidens Musta'liyya er alle Ṭayyibiyyah. Den største Mustaali-gruppe er Bohraen, og den største Bohra-gruppe er Dawoodi Bohra, der primært findes i Indien. Navnet Bohra er en genfortolkning af Gujarati ordet vahaurau ("for handel"). Bohrā-folkene består af to hovedgrupper: en hovedsagelig handelssklasse Shī'ī-flertal, og en Sunnī-minoritet, der hovedsagelig er bondebønder. "
Shia og Ismaili er ret ens i deres tro og kulturer, da Ismailis er en del af shia-sekten. Alle sekterne deler samme tro vedrørende Allah og Muhammad. Allah er troet på den ene og den sande Gud, med Muhammad som Guds sidste profet.
