Hovedforskel: Hovedforskellen mellem de to celler er, at prokaryote celler i grunden ikke har nogen kerner, mens eukaryote celler har egentlige kerner. Eukaryote celler er større og mere komplekse end de prokaryote celler.

Alle levende organismer kan sorteres i en af ​​to grupper afhængigt af deres cellers grundlæggende struktur. De to hovedklasser af celler er prokaryoter og eukaryoter. Disse to celletyper har meget til fælles. De udfører de samme slags funktioner og på samme måder. Begge er omgivet af plasmamembraner, fyldt med cytoplasma og indlæst med små strukturer kaldet ribosom. Begge har DNA, der bærer de arkiverede instruktioner til at betjene cellen. Der er dog nogle forskelle mellem de to typer celler.

Udtrykket prokaryot er afledt af det græske ord "prokaryote", hvilket betyder før kerne. Prokaryoter er organismer, der består af celler, der mangler en cellekerne eller nogen membranomsluttede organeller. Det betyder, at de ikke har nogen kerne. Det genetiske materiale, dvs. DNA, i prokaryoter er heller ikke bundet inden for en kerne. Derudover er DNA'et mindre struktureret og er i en enkelt sløjfe. De fleste prokaryoter består af kun en enkelt celle og kaldes som encellulær organisme. Der er også et par prokaryoter, der er lavet af samlinger af celler og kaldes som multicellulære organismer. Prokaryoter er opdelt i to grupper, de er:

• Bakterie
• Archaea

Eukaryoter er organismer der består af celler, som besidder en membranbundet kerne såvel som membranbundne organeller. Betegnelsen eukaryot er afledt af det græske ord "œeukaryoteâ", hvilket betyder ægte eller gode kerner. Denne celle omfatter alle livsriger undtagen monera. Disse organismer holder det genetiske materiale i deres celler. Det genetiske materiale i eukaryoter er indeholdt i en nucleus i en celle. DNA'et af disse organismer er struktureret og er organiseret i kromosomer. DNA er også lineært og er forbundet med proteiner til dannelse af chromatin. Eukaryote organismer kan være multicellulære eller enkeltcellede organismer. Alle dyr betragtes som eukaryoter. Andre eukaryoter omfatter planter, svampe og protister.

Prokaryote og eukaryote celler er begge forbundet med hinanden i størrelse og kompleksitet. Disse celler er forskellige fra hinanden. Men de er tydeligvis mere ens end forskellige, og de er tydeligt evolutionært relateret til hinanden. Biologer mener, at den eukaryote celle er klart udviklet fra den prokaryote celle.

Sammenligning mellem prokaryotisk og eukaryot celle:

	Prokaryotisk celle	Eukaryotisk celle
Definition	Disse er organismer, der består af celler, der mangler en cellekerne eller ethvert membranindkapslet organeller.	Disse organismer består af celler, der besidder en membranbundet kerne såvel som membranbundne organeller.
nucleus	Det har ingen kerne.	Det har en ægte kerne, afgrænset af en dobbeltmembran.
DNA-arrangement	Den har en cirkulær sløjfe.	Det er lineært.
Størrelse	Små celler (<5 μm)	Store celler (<10 μm)
Celle	Altid ensartet	For det meste multi-cellulære
Cellevæg	Sædvanligvis til stede kemisk kompleks i naturen	Når den er til stede, kemisk simpel i naturen
Protein	Det indeholder ikke protein i dets DNA.	Den indeholder proteiner i DNA'et til dannelse af chromatin.
ribosom	Den indeholder små ribosomer.	Den indeholder store ribosomer.
cytoplasma	Ingen cytoskelet	Har altid cytoskelet
Celledeling	Celleopdeling er ved binær fission	Celleopdeling er ved mitose
Reproduktion	Reproduktion er altid aseksuel	Reproduktion er aseksuel eller seksuel
Metaboliske veje	Stort udvalg af metaboliske veje	Fælles metabolske veje
flageller	Består af to proteinbyggesten	Det er komplekst i naturen og består af flere mikrotubuli
Multicellular former	Sjælden	Fælles med omfattende vævdannelse
Mesosomes	De udfører funktioner af golgi-kroppe og mitokondrier, og hjælper også til adskillelse af kromosomer.	Ikke til stede
Plasma membran	Ingen kulhydrater og mangler steroler	Steroler og kulhydrater er begge til stede
glycocalyx	Til stede som et kapsel eller slimlag	Til stede i nogle celler, der mangler en cellevæg
Eksempel	Bakterier og archaea	Dyreceller og planteceller