Hovedforskel: FAT32 og NTFS er filsystemer og diskstandarder, der bruges til partitionering og formatering af harddiske. Hvis sammenlignet, er FAT32 en ældre og enklere version af NTFS, som er ny og en velfungerende version af et filsystem.

FAT32 er en version af File Allocation Table, som er tilgængelig i Windows 95 OSR 2 og Windows 98 operativsystemer. Det er et almindeligt filsystem, der bruges i de fleste computere. Filsystemet fik sit navn fra, at det bruger en tabel med 32-bit storage. Dens grundlæggende funktion er at registrere diskadresserne på hver fil under partitionen. Filsystemet kan have op til 24 partitioner, som kan variere fra 32 MB til 137 GB. Disse partitioner opererer under Windows 9x-operativsystemet, og de er ansvarlige for ledig plads på harddisken. Der er begrænsninger i Windows 9x-operativsystemet, som skal overvejes, mens partitionerne er tilgængelige. Alle de resterende operativsystemer bruger FAT32 filsystemet i henhold til deres overensstemmelse og kapacitet. FAT32-filsystemet bruges typisk som et middel til fillagring i en Windows 9x-computer på en partition, som ikke overstiger 126 GB.

FAT32 giver følgende forbedringer i forhold til de ældre FAT-versioner:

• FAT32 understøtter drev på op til 2 terabyte i størrelse.
• FAT32 bruger plads mere effektivt.
• FAT32 bruger mindre klynger (det vil sige 4 KB klynger til drev op til 8 GB i størrelse), hvilket resulterer i 10 til 15 procent mere effektiv udnyttelse af diskplads i forhold til store FAT- eller FAT16-drev.
• FAT32 er mere robust i forhold til de ældre FAT-versioner.
• FAT32 er mere fleksibel; dens rodmappe drev en almindelig klyngekæde, som gør det muligt for filsystemet at være tilgængeligt i ethvert hjørne på drevet.

NTFS er et avanceret og udvalgt rige filsystem. Akronym NTFS står for New Technology File System. Dette filsystem er det mest avancerede og nyeste filsystem; den har højt avancerede skriveteknikker, forbedret sikkerhed og en høj kapacitet til udnyttelse af rummet. Harddisken, når den er formateret, er opdelt i partitioner eller hovedafdelinger. Inden for hver partition holder operativsystemet styr på alle de filer, der er gemt af det pågældende operativsystem. Derfor gemmes hver fil nu på en harddisk i et eller flere klynger eller gruppeformater, der spænder fra 512 byte til 64 byte. Filerne er optaget i et specielt filformat i NTFS. Disse filformater er kendt som Master File Table (MFT). Disse poster bruges yderligere til at lokalisere filerne, hvis de spredes i klyngerne. NTFS forsøger også at finde det tilstødende lagerplads, som holder hele filen sammen med sine klynger.

Nogle af de vigtigste funktioner i NFTS er:

• NTFS bruger et b-træ bibliotekskema for at holde styr på filklynger.
• NTFS gemmer oplysningerne om enhver filklynge og andre data.
• NTFS understøtter de store filer (spænder op til 2 til den 64. strøm eller ca. 16 milliarder bytes i størrelse).
• NTFS består af en adgangskontrol liste (ACL), som gør det muligt for serveradministratoren at styre brugeren, hvem der får adgang til de specifikke filer.
• NTFS har det integrerede filkomprimeringssystem.
• NTFS understøtter Unicode, som er baseret på navnsystemer.
• NTFS sammen med de længere filnavne understøtter også "8 efter 3" navne.
• Det giver datasikkerhed på både flytbare og faste diske.

Sammenligning mellem FAT32 og NTFS:

	FAT32	NTFS
forkortelse	Filallokeringstabel 32	Ny teknologi filsystem.
indført	Det blev introduceret i 1977.	Det blev introduceret i 1993.
De er	FAT32 er et standard system, da det understøtter flere versioner af Windows.	NTFS understøttes i nyere versioner af Windows som Windows XP, Windows 2000 og højere.
versioner	FAT32 er det ældre Microsoft-filsystem.	NTFS er det nuværende filsystem, der bruges af Windows.
Filstørrelse	Maksimal filstørrelse 4 GB.	Filstørrelse begrænset af størrelsen af ​​lydstyrken.
Understøttelse og krav til operativsystemet	Det understøtter ikke Windows 2000 eller Windows 2003 Active Directory.	Det kræver brug af Windows 2000 eller Windows 2003 Active Directory eller delte klynge drev.
Adgang	Tillader ikke adgang til filer på harddisken med MS-DOS.	Tillader ikke adgang til filer på harddisken med MS-DOS.
Recovery kapacitet	Det har ikke evnen til at komme automatisk fra nogle diskrelaterede fejl.	Det har evnen til automatisk at gendanne fra nogle diskrelaterede fejl.
Filbehandlingshastighed	Det er langsomt i filoverføringsprocessen.	Det er hurtigere i filoverføringsprocessen.
Filkomprimeringsmetode	FAT32 understøtter ikke filkomprimering.	NTFS understøtter filkomprimering.
Konverteringer	FAT32 kan konverteres til NTFS.	Det er svært at konvertere NTFS tilbage til FAT32.