Nøgleforskel: Archaea er single-cellede organismer, der mangler en kerne og frigiver methan som et produkt af metabolisme. Bakterier er enkeltcellede organismer, der mangler en nucleus, mitokondrier, chloroplaster, golgibodies og ER.
Organismer er vigtige for vores eksistens som mennesker og alle andre levende ting udviklet sig fra dem. Organer kan klassificeres i to kategorier: eukaryote og prokaryoter. Prokaryoter mikroorganismer kan yderligere klassificeres i tre domæner: eukarya, bakterier og archaea. Dette kan blive lidt forvirrende, da disse to er ens i udseende og kan ofte forveksles ud fra at se alene, selvom de adskiller sig fra hinanden på mange måder.

Archaea ligner bakterier i form og størrelse; Det er her, hvor forvirringen stammer fra, men nogle arkæer har meget usædvanlige former, såsom Haloquadratum Walsbyi-organismerne har flade og firkantede celler. Archaea er også de ældste organismer, der er blevet opdaget. De spænder i fra 0, 1 mikrometer (μm) til over 15 μm i diameter og forekommer i forskellige former, herunder kugler, stænger, spiraler, plader, lobede celler, nålelignende filamenter og rektangulære stænger. Selv om archaea ligner bakterier, har det gener og metaboliske veje, der ligner eukaryoter, herunder at have tre RNA-polymeraser. Archaea er afhængig af etherlipider i deres cellemembran til overlevelse. En anden unik funktion ved arkæa er, at de kan overleve under ekstreme forhold, såsom ekstremt varmt, ekstremt koldt eller ekstremt saltvand. Også arkeacellevægge mangler peptidoglycan, som er til stede i bakterier. I de fleste arkæer er væggen samlet fra overfladelagsproteiner, som danner en stiv matrix af proteinmolekyler til at dække ydersiden af cellen, svarende til en kædelmail. Archaea erhverver energi fra forskellige kilder, såsom sukkerarter, ammoniak, metalioner, hydrogengas, sollys og kulstof, mens der produceres nitrogen, methan, svovlsyre etc. som et biprodukt. Archaea reproduceres gennem foranstaltninger som binær fission, fragmentering eller spirende. Archaea spillede og fortsætter med at spille en stor rolle i kulsyrecyklussen og kvælstofcyklussen på jorden.

Bakterier er det største domæne af de prokaryote mikroorganismer. De menes at være blandt de første livsformer, der optrådte på jorden og er til stede på de fleste levesteder, herunder bosiddende i mennesker, dyr og planter. Det anslås, at der er ca. fem nonillion (5 × 10 ^ 30) bakterier på jorden. Selv om bakterier oprindeligt blev betragtet som planter, der udgør klassen Schizomycetes, klassificeres den nu under prokaryoter. I modsætning til celler af eukaryoter indeholder bakterieceller ikke en kerne og har sjældent membranbundne organeller. Udtrykket "bakterier" er flertallet af den nye latinske bakterie og er afledt af det græske βακτήριον (baktērion) og βακτηρία (baktēria), hvilket betyder "personale, stok", der henviser til formen af de organismer, der blev fundet på tid. Udtrykket "bakterier" blev brugt til at referere til alle prokaryoter, selv om det senere blev ændret som yderligere opdagelser, der fandt forskelle mellem organismerne.
Bakterier er normalt få mikrometer i længden findes i en række forskellige former, herunder cocci, baciller, vibrio, spirilla, spirochaetes og cuboidale. Bakterieceller er ca. en tiendedel af størrelsen af eukaryote celler og er typisk 0, 5-5, 0 mikrometer lange. Formen af bakterierne bestemmes af cellevæggen og cytoskelettet, som ændrer og tilpasser sig for at modtage egnede næringsstoffer, fastgøres til overflader, svømmer gennem væsker og undslippe rovdyr. Bakterievæggen er omgivet af en lipidmembran, der omslutter og holder næringsstoffer, proteiner og andre væsentlige komponenter i cytoplasmaet inde i cellen. Som prokaryoter har bakterier ikke membranbundne organeller og indeholder derfor få store intracellulære strukturer. De mangler en sand kerne, mitokondrier, chloroplaster og de andre organeller. De har også kun én RNA-polymerase. Cellemembranen indeholder esterbindinger, mens cellevæggene er fremstillet af peptidoglycan. Bakterier vokser og reproducerer aseksuelt gennem binær fission.
Bakterier er en vigtig del af planeten og spiller en stor rolle i genanvendelse af næringsstoffer, såsom fiksering af kvælstof fra atmosfæren og nedbrydning. Selv under ekstreme forhold giver bakterier næringsstoffer, der er nødvendige for at opretholde livet ved at omdanne opløste forbindelser som hydrogensulfid og methan. Bakterier kan også skade kroppen ved at producere en række sygdomme hos mennesker, såsom åndedrætssygdom, HIV osv. For mange lidelser bruges antibiotika til at befri kroppen af de skadelige bakterier. Bakterier har også andre anvendelser som spildevandsbehandling, nedbrydning af olieudslip, produktion af ost og yoghurt, genopretning af guld, palladium, kobber og andre metaller.